第一，纳税主体问题。一个企业当其仅收购另一个企业的优质资产，分立后成立了一个新的企业，原被收购的企业已很难对原有欠税进行支付，那么收购后分立的企业必然承担连带纳税义务。还有一种情况是原有企业是承包的，该承包人是纳税义务人。但当该企业被他人并购后，则原发包人、现并购人和承包人仍主要承担纳税的连带责任。

　　第二，并购下的税款处理。一个企业当其在欠税状况下，另一企业要并购该企业，被并购企业必须向主管税务机关报告。税务机关征收税款优于债权及抵押权、质权、留置权。并购涉及货物的转移、转让不属于增值税征收范围。但并购案中的收入或溢价收入应缴纳营业税和所得税。对评估后增值的财产的递延税款在企业并购交易实现或部分实现时均需按交易金额缴纳所得税。按权责发生制，只有开具发票或收据，或有付款合同或计划，上述递延税款视作发生，按企业并购交易金额缴纳税款。企业并购中资产评估减值发生的流动资产损失进项税额可以抵扣。对于企业改制中由于资产评估减值而发生的流动资产损失，如果流动资产未丢失或损坏，只是由于市场发生变化，价格降低，价值量减少，并不属于非正常损失的，不作进项税额转出处理。如果流动资产丢失或损坏，则相应的进项税额应转出，不予抵扣。

　　第三，并购案中的出资形式不同亦应按不同情况缴纳税款。对出资进行并购的企业如以应税货物并购其他企业，对该并购方应按销售行为征收增值税，并由并购企业自行承担税款。对商业企业并购以货物作为出资方式，被并购人可以凭该实物出资的书面合同以及与之相符的增值税专用发票，确定进项税额，报经主管税务部门批准后予以抵扣，并且未经同意不能先行抵扣。外商投资企业和外国企业通过并购形式从中国金融资产公司处取得的中国境内其他企业股权，并将该重置后股权转让、置换，取得相应的价款，该价款取得以股权转让收入征收所得税，分拆出让属不动产应征收营业税和所得税，属于货物的应征收增值税。